Misją Instytutu jest budowanie pomostów między ochroną środowiska a gospodarką i społeczeństwem oraz przenoszenie i adaptacja doświadczeń w ochronie środowiska państw wysoko rozwiniętych do warunków polskich, w szczególności w okresie transformacji, jak również inicjowanie i wzmacnianie instytucji działających na rzecz ekorozwoju.
Misję tę realizujemy poprzez prowadzenie prac badawczych i publikowanie ich wyników w postaci raportów, biuletynów i zeszytów, prowadzenie i organizację szkoleń, konferencji i seminariów, kontakty ze środowiskami nauki i polityki, ze środkami masowego przekazu - słowem: poprzez szeroką promocję ekorozwoju.
Przemiany, których należy się spodziewać na początku XXI w. wyraźnie ukierunkują myślenie o ekorozwoju na aspekty społeczne i gospodarcze. Ugruntowywanie się demokracji i wzrost gospodarczy Polski wymuszą głębsze zainteresowanie się relacjami społeczeństwo-przyroda i gospodarka-przyroda. Zmiany zachodzące na Ziemi mają taką skalę i oddziaływanie, że w zdecydowanej swojej większości odziaływują nie tylko globalnie w sensie geograficznym ale także sięgać będą swym oddziaływaniem w następne pokolenia. Istnieje znikoma ilość instytucji na świecie, które podchodziłyby do rozwoju w sposób zintegrowany i całościowy odnosząc się do skutków dla przyszłych pokoleń, a które chciałyby jednocześnie, bazując na filozofii ekorozwoju, oddziaływać na zmieniającą się rzeczywistość jako instytucje typu think-tank lub Public Policy Research Institute (PPRI).
Mając to na uwadze InE zamierza w początku XXI wieku dokonać transformacji swojej misji w kierunku służenia przyszłym pokoleniom i misja ta brzmiałaby:
"Przybliżać przyszłość"
Instytut na rzecz Ekorozwoju zamierza więc formułować warunki w sensie przyrodniczym, społecznym i gospodarczym jakie powinny być zapewnione aby bieżące pokolenie mogło uwzględniać interes przyszłych pokoleń, które nie mają nigdzie swoich reprezentantów.
Biorąc pod uwagę przewidywane zmiany jak i przyszłą misję InE przewiduje się, że działania Instytutu na początku XXI w. będą przyczyniać się do realizacji następujących celów ekorozwoju:
- zapewnienie trwałego użytkowania środowiska przyrodniczego i równoprawnego dostępu do jego zasobów,
- zachowanie trwałości tożsamości kulturowej,
- dbanie o warunki do zdrowia fizycznego i psychicznego ludzi,
- budowanie warunków do tworzenia, kultywowania i wzmacniania więzi społecznych od poziomu najniższego do globalnego jak i w układach przestrzennych i pokoleniowych.
- promowanie społecznie i ekologicznie odpowiedzialnego biznesu,
- regionalne i lokalne równoważenie rozwoju (ekorozwój),